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才华横溢，过早地遁入空门，未免可惜，不如趁这个抗日救国的机会还了俗。谁知他婉言谢绝了朋友们的好意，觉得干革命工作的途径并非只有一条，从事佛教工作，照样可以干革命。他写了一首诗，以明志向，诗题为友朋中有以罢道为劝者诗以答之，诗曰：
亡羊自昔多岐途，脱俗方为中道行。
夏绿春红何足惜，要从冰雪验人生。
民国三十年（公元1941年），巨赞路过桂林开元寺时，见古刹原貌不复，已成废墟，伤感万分，赋诗道：
空王原不计行藏，种福无田实可伤。
舍利函空秋露冷，金刚碑仆月华凉。
难凭胜侣穷生死，敦认残灰体断常。
极目神州无限泪，桂江日夜泻汪浪。
民国三十五年（公元1946年）初，巨赞回到了当初的出家之地灵隐寺。先后担任杭州市及浙江省佛教会秘书长。在此其间，他撰写了灵隐小志，第二年出版，非常受欢迎。灵隐寺自古以来，有这么多的高僧与高士，如果不写点什么，那就太对不起前人了。按他的原话说就是：“东晋开山迭经兴废，千六百载，名德如林。永明大慧之禅修，赞宁契嵩之著作，道标皎然之吟咏，道济守益之神奇，或传佛祖之心灯，或示迷徒以正轨，功在圣教，矩*（*：上“萑”下“又”）常存，不有所书，将同忘祖。”灵隐小志到了1980年再版。巨赞为了弘扬佛法，培养佛法后继人才，与若瓢、会觉等人开办了“武林佛学院”初由会觉、枯木担任会长之职，后因物价飞涨，通货膨胀，学院经费十分困难，几近倒闭的边缘，巨赞临危受命，在杭州各大寺院来回奔走，筹措经费。巨赞主张学员把大量的时间用在学习文化知识上面。他说：“文化知识好比水，佛学知识好比船，唯有水涨才能船高，否则，陆地行舟，寸步难行！”
1948年底，武林佛学院因经费来源断绝，被迫停学。学员作飞鸟状，四散而去。巨赞此时于香港、台湾、澳门之间奔波，这期间，他先后会见了李济深、沈钧儒、章伯钊、郭沫若、赵朴初等旧友。1949年4月份，巨赞到了北平，作了一个多月的调查，和周叔迦居士一起商讨，以北京市佛教同仁名义上书毛泽东主席，提出改革佛教的方案。并得到毛主席的亲笔复信，让他与政务院的李维汉联系。
1949年9月21日，巨赞出席了中国人民政治协商会议，并应邀参加了中华人民共和国的开国大典。至此，他结束了飘飘泊泊的云水生涯，在北京定居下来，致力于佛教界的工作并担心领导职务。先后担任一、二、三、四届全国政协常务委员、现代佛学社主编、中国佛教协会常务理事、副会长兼秘书长等。但在反右斗争中，巨赞受尽屈辱，几被打成右派。在“文革”期间，被关押七年。1975年出狱，写有出狱书感一诗：
不婚不宦情如洗，独来独往无所求。
收拾乾坤归眼底，一肩担却古今愁。
巨赞对自身的遭遇并不介意，但对好友田汉死于“文革”痛心疾首。他曾于1942年与田汉会见于桂林，还赠诗给田汉，诗曰：
崎岖山下路，恻怛佛家情。
对镜憎华发，年来白几茎。
田汉平反之后，巨赞颇为伤感，亲撰悼诗云：
靴声橐橐忆当年，慷慨陈词猛着鞭。
南国剧场聆夜话，祝融峰顶设斋筵。
北来常作书房客，迟到方知厄逆连。
往事萦思剩一恸，于今昭雪尚凄然。
“文革”以后，巨赞继续担任中国佛教协会副会长，并领导出版法音刊物。巨赞不仅在佛学方面造诣深厚，而且还“明于经，优于史，妙于文，工于诗”并对古今中外的哲学著作有广泛的涉猎。弘一法师读了巨赞的先自度论与为僧教育进一言两篇文章后，所作的评语是：“叹为希有，不胜忭跃。求诸当代，未有匹者。”巨赞利用业余时间撰写了大量的论文，如安世高所译经之研究、试论唐末以后的禅风——读碧岩录、读宗镜录、鉴真大师律学传承、天台与嘉祥、华严宗的传承及其它、汤著佛教史关于太平经与佛教的商榷、龙树提婆与无著世亲、禅宗思想与风范、东渡弘法的鉴真大师、关于空与有、般若思想在汉民族地区的发展、一行大师和他的大日经疏、玄奘法师和他的会宗论、道安法师的著作和学说等。专著有新佛教概论、灵隐小志等。
1984年4月9日，巨赞法师于北京去世，享年七十六年。4月27日，在八宝山革命公墓举行了追悼会，党和国家领导人邓颖超、李维汉、叶圣陶、帕巴拉•格列朗杰等送了花圈；习仲勋、刘澜涛、杨静仁、班禅额尔德尼•确吉坚赞等参加了追悼会。
1981年秋，巨赞法师在避暑山庄观时，写了一首观白荷诗，这首诗可以说是他一生的真实写照，我把诗录之于下，作为本文之殿：
姑射仙人冰雪姿，亭亭玉立耀秋池。
经尘怯染铮铮骨，烦恼难抛袅袅丝。
历尽兴衰惟莞尔，忘情荣辱不求知。
端严常使须眉愧，磊落襟怀未易窥。