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毁坏，随后，又全部冲坏墩岸和桥梁，在北马头决堤，牵制漕河水流入盐河，漕运船只全都受阻。
教谕彭顼请求建立闸门来控制水势，开通河道来分流上游的水。
御史练纲上奏治理的办法。
诏令下到尚书石璞。
石璞于是开凿河道三里，以避开决口，上下与运河相通。
这年，漕运船只不能前行的，命令漕运总兵官徐恭暂且转运到束昌、济宁粮仓。
等到第二年，运河中的舟船照旧搁浅。
徐恭与都御史王兹说：“漕运船只像蚂蚁一样聚积在临清上下，请赶快敕令都御史徐有贞堵塞沙湾溃决的黄河决口。”徐有贞认为不能这样，而献上治河的三条计策，请建立水闸，开通分水河，挖深运河。
景泰六年三月，皇帝诏令群臣集中商议治河办法。
工部尚书江渊等请求调用官军五万用以疏通运河。
徐有贞担心役使官军耗费加大，请恢复陈逭旧制，设立捞浅河工，征用沿河州县民工，免去其劳役。
五月，疏通漕运河道工程竣工。
七月，填塞沙湾决口工程也竣工，会通恢复安定。
都御史陈泰逐一疏通淮、扬漕河，堵塞决口建立堤坝。
黄河曾经灌注新庄闸到清江浦三十余里，淤塞水浅阻碍漕运，稍稍得到疏通治理，立即恢复其旧。
英宗初年，命官吏督治漕运，在济宁分成南北二段，侍郎郑辰治理南面，副都御史贾谅治理北面。
成化七年，又根据廷臣的商议，划分漕河在沛县以南、德州以北及山东为三道，各委派曹郎及监司专门管理，并且请求选拔有气概和魄力的大臣总理其事。
开始命侍郎王恕为总理河道之职。
二十一年，敕令工部侍郎杜谦疏通运道，从通州到淮、扬，会同山东、河南巡抚巡按察看测量治理。
弘治二年，黄河又在张秋决堤，直冲会通河，命户部侍郎白昂察看治理。
白昂上奏金龙口决口已经淤塞，黄河合为一大支流，经由祥符汇合沁水下流到徐州而去。
其间河道浅而狭窄，应当在所经由的七县，修筑堤岸来护卫张秋。
下交到工部商议，依从他的奏请。
白昂又根据漕船经过高邮甓社湖多陷入险境，请在堤东开通复河四十里来通行船只。
过了四年，黄河又决堤数道流入运河，毁壤张秋束堤，直夺汶水流入大海，漕河断流。
这时工都侍郎陈政总管河道，调集民工十五万，治理还没有见功效就死了。
弘治六年春，副都御史刘大夏奉敕命前往治理溃决的黄河。
五月，漕船如鱼鳞般聚集，于是首先从决口的西岸开挖月河来通行漕运。
经营了二年，张秋决口被堵塞，又在黄陵冈上游筑堤。
于是黄河又往南流，运道无阻碍。
然后改张秋为安平镇，建庙赐横额为显惠神祠，命大学士王鏊记载这件事，镑刻于石。
而白昂所开挖的高邮复河也完成，赐名为康济，它的西岸用石头修治。
又修治高邮堤，从杭家闸到张家镇共三十里。
高邮堤，是洪武年问所修筑。
陈珪依照旧堤增筑而成，延续到宝应，本地人相沿称之为老堤。
正统三年，改土堤为石堤。
成化年间，派遣官吏修筑复堤于高邮、邵伯、寅应、白马四湖老堤之束。
而王恕为总管治河之官，修筑淮安以南各处演决之堤，并且疏通淮、扬漕河。
加重湖边百姓私开水道灌溉田地的惩罚，建立闸硅来蓄积湖水。
等到刘大夏堵塞了张秋，而白昂又开通了康济，漕河上下无大害有二十余年。
弘治十六年，巡抚徐源说：“济宁地势最高，一定要导引上源洸水来补济，其河口在垌城石濑之上。
元朝时期，建造闸门修筑拦水堰，迫使河水全都流入南旺，分别补济南北运河。
成化年问，改土堰为石堰。
土堰的好处是，水小的时候就阻止其水使流入洸河，水大的时候就关闭闸门以防止泥沙壅塞，任凭其漫遇土堰向西流。
自从石堰修成，河水就泛滥，石堰既毁坏，民田也被水冲。
洸河被泥沙淤塞，虽有闸门，被压住不能打开。
请求撤除石堰再修成土堰，疏通洸河口的淤塞达到济宁，修筑垌城以西春城口子溃决的河岸。”皇帝命令侍郎李铲前去勘测，说：“垌城的石堰，一能阻止淤沙，不给南旺湖带来灾害，一能减缓水势，不必担心戴村坝被水冲击，不应该撤除。
靠近石堰的积沙，应当疏浚。
垌城稍东有元朝时期的旧关门，导引洸水流入济宁，下接徐、吕漕河。
束平州戴村，则是汶水流入大海的故遒。
从永乐初年开始，横筑一坝，阻止汶水流入南旺湖，漕河开始畅通。
今从分水龙王庙到天井闸九十里，水高三丈多，假若洸河越挖越深，那么，汶水就会全部流向济宁而往南流，临清河道必然会干枯。
洸河口不能疏通。
垌城口到柳泉九十里，不关涉运道，可以不治理。
柳泉到济宁，是汶、泗各水汇合之处，应当疏通的地方有二十余里。
春城口，外要阻挡汶水流入，内要防止民田被冲，堤岸低而薄，应当与戴村坝一起修筑。”依从他的主张。
正德四年十月，黄河在沛县飞云桥决堤，流入运河。
不久淤塞。
世宗初年，黄河多次毁坏漕河。
嘉靖六年，光禄少卿黄绾分析泉源之利，说：“漕河泉源都发端于山东南旺、马场、樊村、安山各湖。
泉水所集聚之处，应当赶快挖深，并且引导其它泉水一起积蓄，那么，漕河就不会枯竭。
南旺、马场堤外孙村地势低下，假若蓄积成湖，改作漕运之道，尤其可以免除济宁高原水浅阻碍舟船的困苦。”皇帝命总河侍郎章拯计议。
然而，章拯以黄河之水流入运河，漕运船只被阻于沛上，正被御史昊仲所弹劾。
’章拯说：“河道淤塞难以快速疏通，只有金沟口往北新冲成的一道水渠，可使漕运船只由此进入昭阳湖，到沙河板桥。
其首先受阻搁浅的船只，就往西经过鸡冢寺，到庙道北口而畅通运行。”下交到工部一起商议，没有议定。
给事中张嵩说：“昭阳湖地势低下，河道地势高，引河灌注于湖，必然导致湖水溢满而外流，使湖道又受阻碍。
请求罢免章拯，另外推选大臣来治理。”工部商定依照张嵩的主张办。
章拯再次上奏自我弹劾，请求罢免。
没有得到许可。
最终引导漕运船只取道湖中。
逭年冬，诏令章拯回到京城另外任官，又命挑选大臣去监督治河之事。
各位大臣多进献治河的主张。
詹事霍韬说：“从前主张役使山东、河南民工数万，疏通淤沙以便畅通漕运。
然而，沙随水而下，一边疏通一边淤塞。
今漕运之船由昭阳湖进入鸡呜台到沙河，迂回不过一百里。
假若沿湖筑堤，疏浚成为小河，河口建立闸门，以供积蓄和排泄，河水泛溢时可避免波涛汹涌，河水干枯时容易进行疏浚o三个月就把土堤筑成，一年就把石堤修成，用的人力少，获取效益快。
黄河越泛溢，运道越便利，比起用役使民工来疏通淤土，劳逸大不相同。”尚书李承勋说：“在昭阳湖左另开通一条河道，引各泉水供给运道，从留城沙河起变得更加便利。”与都御史胡世宁的主张相同。
嘉靖七年正月，总河都御史盛应期所奏如同盟世宁的办法，请求在昭阳湖束开凿新河，从汪家口南到留城口，长一百四十里，限期六个月完工。
工程未到一半，而盛应期被罢免离去，这项工程便停止。
这以后三十年，朱衡纔沿着其遗留的痕迹，疏浚而成新河。
这年冬，总河侍郎潘希曾增筑济、沛之间东西两堤，用来抵御黄河之水。
嘉靖十九年七月，黄河在野鸡冈决堤，徐、吕二洪干涸。
督理河漕侍郎王以旃请求疏通山东各条河水来补济运道，并且修筑长堤积蓄河水，如同闸河形制。
于是，清理出旧水源一百七十八处，开挖新水源三十一处。
王以旃又上奏四件事情。
一是请把各水源隶属于当地地方官员兼管其事，不要使它堵塞。
二是请在境山镇、徐、旦二洪的下游，各建立石闸门，积蓄河水数尺深以便行船，旁边保留一条半月形河道以排泄突然到来的洪水；在武家沟、小河口、石城、匙头湾修筑四座木闸门，又设置并船在沙坊等浅水处，以准备捞浅疏通河道。
三是说漕河两岸有南旺、安山、马场、昭阳四湖，名叫水柜，可以用来汇合各泉水以便补济漕河。
豪强侵占，蓄水不多，而昭阳一湖淤塞成为高地，完全不是建国初期设湖的本意。
应当委派官员进行清理，增设闸、坝、斗门，培筑堤岸，多开沟渠，挖深河底，以恢复四水柜。
四是说黄河改道向南，旧闸口全都淤塞，只有孙继一口单独存在。
导引黄河到徐州小浮桥，向下流到徐、吕二洪，这是补济运道的最大水源。
请在孙继口多开一沟，及时疏导，希望二洪之水可以得到补济。
皇帝同意他的奏请，而将管泉事务专门责令部曹承担。
徐州、吕梁二洪，是河漕的咽喉要道。
自从陈管凿石疏渠开始，正绕初年，又疏通洪西小河。
漕运参将汤节又根据洪中水流迅急毁坏船只，在上游修筑拦水坝，迫使河水回到月河，河的南面建立闸门以积蓄水势。
成化四年，管河主簿郭升用大石修筑两堤，并用铁锭使其坚固，开凿外洪容易导致船只毁坏的有害大石三百处，又平筑裹洪堤岸，又在岸东西砌石四百余丈。
十六年，增砌吕梁洪石堤、石坝二百余丈，以帮助牵拉船只。
到这时建闸，行驶的船只更加感到便利。
嘉靖四十四年七月，黄河在沛县大决堤，漫入昭阳湖，经由沙河到二洪，水势浩渺，无边无际，运道淤塞一百余里。
督理河漕尚书朱衡巡枧盛应期所开凿新河遗迹，请求开通南阳、留城上下。
总河都御史潘季驯没有允许。
朱衡说：“这河直通秦沟，有所约束而狭窄。
夏秋黄河水势大，昭阳容纳它，不会成为沟壑。”于是决定开通疏浚，亲自督促施工，严惩不奉行命令的人。
给事中郑钦弹劾朱衡故意兴起难以成功的工程，虐害百姓希图侥幸成功。
朝廷派遣官吏勘测新旧河道哪个有利。
给事中何起鸣勘测河道后回来说：“旧河道难以恢复的地方有五处，而新河道难以成功的地方也有三处。
只是新河道多有旧堤高山，黄河水很难进入，疏浚而使其畅通，运道一定有利。
所说的三个难以成功的地方，一是夏村往北地势高，恐怕很难接通河水，然而地势高低之差，大约不超过二丈，一旦水位增高，担心什么河水浅少呢？二是三河口淤积泥沙深厚，水流湍急，不会没有阻塞，然而建坝拦截，每年进行一次疏浚，担心什么泥沙壅塞呢？三是在马家桥修筑堤岸，到微山取土不方便，又担心在水口投入拦水的埽，坝基必然不坚固，然而，假若委任得到适当的人，筑堤加高加厚，没有一定不能用力量来治理的道理。
开通新河有利。”下交朝廷大臣会合商议，说新河已经有了规模，不能停止。
况且百中桥到留城白洋浅，到境山，进行疏浚补筑，也不全部废弃旧河，众多大臣意见相同。
皇帝纔决定下来。
这时天降大雨，黄河水突然上涨，在马家桥决堤，毁坏新筑东西二堤。
给事中王元春、御史黄襄都弹劾朱衡欺许误事，何起鸣也改变自己的说法。
恰逢朱衡上奏新旧河一百九十四里全部已经疏通，漕运船只到南阳出口无阻碍。
诏令留下朱衡与潘季驯详细商议开通上游、修筑长堤的有利之处。
隆庆元年正月，朱衡请求取消疏通上游的主张，只疏浚加宽秦沟，牢固地修筑南边长堤。
五月，新河修成，西边距旧河三十里。
旧河从留城以北，经过谢沟、下沽头、中沽头、金沟四闸，过沛县，又经庙道口、湖陵城、孟阳、八里湾、谷亭五闸，然后到南阳闸。
新河从留城向北，经过马家桥、西柳庄、满家桥、夏镇、杨庄、朱梅、利建七闸，到达南阳闸汇合旧河，总共一百四十里有余。
又导引鲇鱼各泉水及薛河、沙河注入其中，然后在三条河的河口修筑拦水坝，修筑马家桥堤岸，阻遏黄河水使其流入秦沟，运道于是很畅通。
不久，鲇鱼口被山水突然冲决，沉没漕运船只。
皇帝依从朱衡的奏请，从束邵开通支河三条用来分泄其水，又在柬邵的上游开通支河，经过束沧桥然后到达百中桥，凿穿豸裹沟各处为沟渠，使水流入赤山湖，从这里又回到吕孟湖，往下流到境山而离去。
朱衡被召入朝廷任工部尚书，都御史翁大立代理他的职位，上奏说：“漕河利用泉水，然而地形东高西低，没有湖蓄积它就会干涸，所以漕河以束都有水柜；没有湖排泄水就会演决，所以漕河以西都有深壑。
黄河水逆流奔泻，就把昭阳湖作为河水漫流的地区；大水往东奔突，就把南阳湖作为蓄积河水的地方。
应当从回回墓开通以到达鸿沟，让谷亭、湖陵的水都流入昭阳湖，立即疏通鸿沟废渠，引昭阳湖水沿着沟渠往东到留城。
湖水退后所形成的沙滩，又可获得土地敷千顷。”翁大立又说：“薛河水流湍急汹涌，今完全灌注于赤山湖，流入微山湖然后到达吕孟湖，这就是尚书朱衡的成绩。
祇是吕孟之南有邵家岭，黄河水夹带泥沙淤积，地形高仰，秋水按季节到来的时候，容纳的水很少，淹没平旷的田野，夺去百姓土地之利。
微山湖的西面是马家桥，近来新修一堤来开通运道，泥土还没有达到坚实.而这时被积水所动摇，以八尺或一丈的堤基，二水夹攻，担心有垮塌的危险。
应当疏通邵家岭，让水经由地浜沟到境山然后流入漕河，那磨湖地就可以耕种，河堤不会演决。
另在马家桥建立碱水闸，根据旱滂情况开启或关闭，这纔是畅通漕运的长久之计。”全都依从他的主张。
隆庆三年七月，黄河在沛县决堤，茶城淤塞，粮船二千余只全在邳州被阻。
翁大立说：“臣巡行徐州，沿着子房山，经过梁山，到达境山，进入地浜沟，直奔马家桥，上下八十里之间，可以另外开通一条河道作为漕运。”就是所说的洳河。
请集中朝廷大臣议论。
皇上于是命令施行。
不久，黄河水下降漕运畅通，先前的主张全部停止。
这时淮水泛滥，从清河到淮安城西淤塞三十余里，冲决礼、信二坝到达大海，宝应湖堤岸多被毁坏。
山东各水从直河流出到邳州。
翁大立上报朝廷。
这年冬，从淮安板闸到清河西湖嘴疏通河道快要完成，而里口又淤塞。
督漕侍郎赵孔昭说：“清江一带黄河五十里，应当修筑堤堰来防止河水泛溢；淮河高良涧一带七十余里，应当修筑堤堰来防止淮水上涨。”皇帝命令赶快疏通里口，与翁大立商议修筑堤堰的事情，并且商讨疏通海口堵塞及开通宝应半月形河道二事。
隆庆四年六月，淮河及鸿沟境山疏浚工程竣工。
翁大立正上奏报告，各条河水突然泛滥，在仲家浅决堤，与黄河汇合，茶城又淤塞。
不久，从泰山庙到七里沟，淮河淤塞十余里，其水从朱家沟旁流出，到清河县河南镇又汇合于黄河。
翁大立请求开通新庄闸来通行返回的船只，同时疏通古睢河，排泄二洪之水，并且分支河从鱼沟下到草湾，保护南北运道。
皇帝命令新任总河都御史潘季驯规划。
不久，黄河在邳州大决堤，睢宁漕运水道淤塞一百余里。
翁大立请求开通洳口、萧县二河。
适逢潘季驯堵塞各处决口，黄河水归入正流，漕运之船又获得畅通。
翁大立、趟孔昭都因延误了漕运粮食而被除去官籍，开通洳口的主张最后没有施行。
隆庆五年四月，黄河又在邳州王家口决堤，从双沟以下，南北决口十余处，损失漕船运粮军人数以千讦，吞没漕粮四十万余石，而匙头湾以下八十里全被淤塞。
于是，胶、莱海运的主张纷纷而起。
正值潘季驯奏请治理邳河工程完成，皇帝以漕运缓慢，派遣给事中雒遵前往勘测。
总漕陈蚧及潘季驯都被罢免官职。
隆庆六年，依从雒遵的计策，修筑茶城到清河长堤五百五十里，每三里设立一个铺，每个铺安排十个民工，设置官员划分地区而守护。
又接着修筑茶城到开封两岸河堤。
依从朱衡的计策，修缮丰、沛大黄堤。
朱衡又说：“漕河起于仪真到达张家湾二千八百余里，河势共分四段，各段都不相同。
清江浦以南，临清以北，都远离黄河，不需多用力。
只有茶城到临清，则是拦截各水成为河，与黄河靠近。
清河到茶城，黄河也即运河。
茶城以北，应当防备黄河决口而流入；茶城以南，应当防备黄河决口而流出。
防备黄河就是保护运河的手段，所以从茶城到邳、迁，应高筑两岸河堤，宿迁到清河，应全部堵塞决口，用来防备黄河水的流出，那么，正河就一定会淤塞，去年徐、邳的祸患就在这里。
从茶城秦沟口到丰、沛、曹、单，新筑和增筑堤岸来连接缕水旧堤，用来防备黄河水的流入，那么，正河就一定会决口，往年曹、沛的祸患就在这里。
两处工程宣告竣工，所以河床加深水受约束，没有从旁边决口和中间溃塌的忧虑。
沛县的窖子头到秦沟口，应当修筑河堤七十里，连接古北堤。
徐、邳之间，堤岸逼近河床，应当在新堤之外另外修筑遥堤。”诏令依从他的主张，以此命令总河侍郎万恭执行。
万历元年，万恭说：“祖宗时造浅水船将近一万只，不是不知道满载节省船只的便利，因为闸河水流浅，所以不敢超过四百石。
其形制船底平坦、船仓低浅，底平坦那么入水就不深，仓低浅那么负载就不满。
又限制浅水船吃水不能超过六孥，伸直大指与食指相距为一孥，六孥不过三尺左右，明显的吃水很浅。
，今不专力遵照执行，却争着雇船搭运。
雇船有三个害处，搭运有五个害处，仝都对河道有害。
请求完全遵照旧有的规定。”依从他的意见。
万恭又请求修复淮水之南平水各闸门，上奏说：“高、宝各湖周围数百里，西边容纳天长七十余河水，仅仅依赖百里长堤，假若阻挡它使不能疏通排泄，这是让堤溃决。
因此祖宗的办法是，普遍地建立数十个小闸门在长堤之间，又制定命令说‘祇许挖深湖地，不许增高堤岸’，所以设立浅水船和捞浅役夫来捞取湖中的淤泥用来加厚堤岸。
闸门多那么水就容易退落因而堤岸坚固，疏浚勤那么湖就越深而堤岸越厚，考虑得十分深远。
近年害怕修闸的辛劳，每坏一闸就堵塞一闸，时间已经很久，各闸全部堵塞，而长堤成为死的堤障了。
害怕疏浚的辛苦，每湖水浅一尺就加高堤岸一尺，时间已经很久，湖水捧垫而起，因而高、宝成为水盂一样的城了。
况且湖漕不要堤岸就与没有湖漕一样，湖堤不要闸门就与没有湖堤一样。
陈管大量建立减水闸数十处，湖水满了就排泄使利于湖堤，湖水退落就关闭使利于湖漕，是最为完备的计策。
积蓄时间长然后削减湖水的痕迹不能再得到，湖水将好像使堤的高度降低。
请求再建平水闸，闸要密，闸密那么湖水就可疏导，没有涨漫之患；闸要窄，闸窄那么水势就平缓，没有溃决之忧。”尚书朱衡覆奏依照他的请求。
于是在仪真、江都、高邮、宝应、山阳设立闸门二十三处，疏浚淤浅共五十一处，各设立捞浅船二只，捞浅役夫十人。
万恭又说：“清江浦河六十里，陈管疏通到天妃祠束，灌注于黄河。
运输船只出天妃口进入黄河通过清江浦，仅仅半天时间。
后来黄河水上涨，逆流注入其口，清江浦于是多处淤塞。
谋议的人不控制天妃口而仓猝堵塞它，使淮河水不与黄河水相遇。
开挖新河来接通淮河，叫做‘接通清水不接通浊水，可以不被淤塞了’。
不知道黄河不是平稳流动之水，夏秋多发生洪水，就向西推送淮水数十里，并且灌注于新开通的河。
那个天妃口，只是黄河水的一处淤塞而已。
今淮水、黄河汇合于新开通的河口，这是二河的淤塞了。
防止一河的淤塞，发生二河的淤塞，又发生淮水、黄河汇合的淤浅。
每年役使民工千百人，疏浚治理刚刚完成，水过之后又合拢。
又迫使运输船只迂回八里浅滩滞流，然后纔到达清诃，与出于天妃口的方便又有利相比怎么样？请求建立天妃闸，使漕运船只直接到达清河。
运完然后黄河水大涨，就关闭闸门断绝黄河水，水退落就打开天妃闸以利于商船。
新开河口不进行疏浚也可以了。”于是建立天妃庙口石闸门。
万恭又说：“从黄河流入闸河为茶城，到临清板闸七百余里，原先有七十二处浅滩。
自从开通新河，汶水平坦宽广，地势高低相差不是很大，七十处浅滩全部变成畅通的水道。
祇有茶城、黄家闸汇合之间，运河水大的时候，正好遇上黄河水退落的时节，高低不相连接，因此有茶城黄家闸的淤浅，连续多年发生灾害。
祖宗时，曾经建立境山闸，自从新河之水平坦，闸门陷入泥淖将近一丈多n其闸上距黄家闸二十里，下接茶城十里，因原先的基址用石头垒成，可以截留黄家闸外二十里的上游水，连接茶城内十里的下游水，并且挟制二十里水势，直冲十里的急流，没有不胜遇的了。”于是恢复境山旧闸。
万恭提出三条建议，尚书朱衡回复可以施行，成为运道永久之利。
然而这时，茶城年年淤塞，万恭刚刚上报正河水流平稳，返空船能快速驶出。
给事中朱南雍认为返空时多受阻，弹劾万恭隐瞒失职。
皇帝严厉斥责万恭，罢官离去。
万历三年二月，总河都御史傅希挚请求开通洳河来避开黄河的险阻，结果没有施行。
傅希挚又请求疏通梁山以下，与茶城相互利用，旧河淤塞就通行于新河而挖通旧河，新河淤塞就通行于旧河而挖通新河，修筑水坝截断水流，经常使其中一河畅通以防备不必要的忧患。
诏令依从他的这些请求。
工程还没有完成，而黄河在崔镇决堤，淮河在高家堰决堤，高邮湖在清水潭、丁志等河口决堤，淮城几乎被淹没。
知府邵元哲开通菊花潭，用来排泄淮安、壶、寅三城之水，东方的粮食运输稍稍畅通。
第二年春天，督漕侍郎张舯认为修筑清水潭河堤工程浩大不能成功，想要让粮船暂时从圈子田运行。
巡按御史陈功不同意。
河漕侍郎昊桂芳说：“高鄄湖老堤岸，是陈管所修建。
以后白昂开通月河，距湖数里，中间修土堤，束边修石堤，首尾建闸门，命名为康济河。
它的中堤的西边，老堤的束边，有民田敷万亩，这就是所说的圈子田。
河与湖相距太远，老堤毁坏之处没有修筑，于是导致河水流入圈田，又成为一湖。
而中堤溃决，束堤独自承受数百里湖水的冲击，清水潭的溃决，形势是必然的。
应当遵照弘治年间王恕的主张，顺着老堤修成月河，只修筑东西二堤，费用节省而工程容易成功。”皇帝命令依照奏请的办法去治理。
这年，邵元哲修筑淮安长堤，又疏通盐城石磋口下游让水流入大海。
五年二月，高邮石堤将要修成，昊桂芳请求在靠近老堤十多丈的地方开挖一条月河。
于是说：“白昂康济月河距离老堤太远，人心习惯于月河的安全，忘记老堤在外捍卫的力量。
一年又一年，不加以察看，老、中二堤都毁坏，因而柬堤不能单独存在。
现在河与老堤靠近，则容易被管辖。”御史陈世宜述说到大江之北的河道，请求在寅应湖堤补筑石堤用来使其外堤牢固，又在石堤的束边再修筑一堤，用来接通月河，漕运船只运行其中。
一起议定施行。
这年冬，高邮湖土石二堤、新开漕河南北二闸门及老堤加石、增加护堤木城各工程竣工。
昊桂芳又与邵元哲增筑山阳长堤，从板闸到黄浦绵延七十里，关闭通济闸不用，而建兴文闸，并且修建新庄各闸门，修筑清江浦南堤，首创板闸漕堤，南北与新旧堤连接。
板闸就是原来的移风闸。
堤岸、闸门一起修筑，淮、扬漕运之道渐渐安定。
万历六年，总理河漕都御史潘季驯修筑高家堰，又在清江浦柳浦湾以束加筑礼、智二坝，修筑宝应、黄浦等八处浅堤，高、宝减水闸四处，又拆除新庄闸然后改建通济闸于甘罗城南。
明朝初年逗粮，自瓜、仪到淮安称之为里河，从五坝转到黄河称之为外河，互不相通。
等到开通清江浦，在天妃口设置闸门，春夏之交重要的漕运完毕，就关闭闸门来抵挡黄水流入。
时间一久其法松弛，闸门不封闭因而黄河水流入。
嘉靖末年，培塞天妃口，在浦南三里遂开通新河，建立通济闸使水归于淮水。
随后，又依从莴恭的计策，恢复天妃闸。
不久，又依从御史刘光国的计策，增筑通济闸门，从仲夏到秋季，每隔一天开放一次返空的漕船。
随后，开关不按时，淤塞一天天加重，开通朱家口引清水灌注其中，祗能通行船只。
到适时改建甘罗城南，专门流向淮水，使黄河之水不能直接奔流。
万历十年，督漕尚书凌云翼认为漕运船只经由清江浦出口多有艰险，于是，从浦西开通永济河四十五里，起于城南窖湾，经过龙江闸，到达杨家涧出武家墩，转而往东，汇合通济闸出口。
又建立闸门三处，用来防备清江浦的艰险。
这时，漕河早已得到治理，淮、扬一带避免水灾十多年。
原先，黄河危害漕河，从金龙口往东，会通因此淤塞，等到堵塞沙湾、张秋闸河，漕河又得到安宁，而徐、沛之间多次受到它的侵害。
到崔镇高堰的溃决，黄、淮同时泛滥而危害漕河，于是在淮、扬之间，湖堤一溃就危害漕河。
潘季驯用高堰保护洪泽，使堰东四湖不受淮水侵害，漕运纔不再受到阻碍。
然而，治理河漕诸臣害怕湖水侵害，白天晚上常常惴惴不安。
十三年，依从总漕都御史李世达的主张，开通宝应月河。
宝应泛光湖，是各湖之中水流最湍急危险的一个，宽一百二十余里。
槐角楼在其中，其形弯曲如簸箕，瓦店如翅在其南，秤钩湾如翅在其北。
西风掀起波浪，经常吹翻船只。
陈管在湖束筑堤，积蓄水流成为运道。
上有水流进来，下无地方宣泄，于是，溃决成为八处浅池，汇合成为六处深潭，兴；盐各场都被淹没。
并且淮水又从周家桥漫入，淹死百姓，危害漕运。
武宗末年，郎中杨最请求开通月河，工部复议不听从。
嘉靖年间，工部郎中陈毓贤、户部员外范韶、御史闻人诠、运粮千户李显都以此进言，议定施行没有结果。
到这时，工部郎中许应逵建议，李世达采纳他的建议上奏朝廷，于是决定进行治理。
疏通河道一千七百余丈，建立石闸门三处，减水闸二处，修筑堤岸九千余丈，其中百堤三分之一，子堤五千余丈。
工程竣工，赐名弘济。
不久又改石闸为平水闸。
许应逵又修筑高邮护城堤。
这以后，弘济的南北河闸，夏秋之季淮水上涨，吞吐不及时，舟船多翻沉。
神宗末年，督漕侍郎陈荐在南北各开通月河一道来碱缓河水的汹涌，而急流纔平缓下来。
万历十五年，督漕侍郎杨一魁请求修筑高家堰来保护上游，砌筑范家口堤来控制从旁溃决，疏通草湾来减缓水势，修筑礼坝来保护新城。
诏令依从他的请求。
杨一魁又改建古洪闸。
在此之前，汶、泅之水经由茶城汇合黄河。
隆庆年间，浊水倒灌，阻碍滞留漕运船只，郎中陈瑛迁移黄河口于茶城东八里，建立古洪、内华二闸门，漕河从古洪出口。
后来黄河水上涨，淤塞更加严重。
杨一魁改建古洪之后，皇帝又依从给事中常居敬的计策，命令在古洪外增筑镇口闸，距黄河只有八十丈，流进泄出更加容易，粮食运输便利。
工部尚书石星建议潘季驯、常居敬备文上奏善后事宜，请划分地区负责完成：接着修筑塔山缕堤和清江浦草坝，新修宝应西堤，用石砌筑邵伯湖堤，疏通裹河淤塞，应当在淮、扬地区兴工完成；考察恢复南旺、马踏、蜀山、马场四湖，建筑险岸河段滚水坝，加建通济、永通二河闸，考察恢复安山湖地区，应当在山东兴工完成。
皇帝依从他的建议。
不久，各项工程完工。
万历十九年，潘季驯说：“宿迁以南，地形向西低凹，请求打开缕堤排放河水。
泥沙随水流入，地面随沙而增高，差不多水患清除而费用又可节省。”又请求改高家堰土堤为石堤，修筑满家闸西的拦河坝，使汶、泗之水完全回到新河。
设置减水闸于李家口，用来排泄沛县积水。
依从他的请求。
十月，淮水大涨，江都淳家湾石堤、邵伯南坝、高邮中堤、朱家墩、清水潭全都溃决。
郎中黄曰谨堵塞刚刚竣工，而山阳河堤又溃决。
万历二十一年五月，常常下雨。
漕河泛滥，济宁及淮河各堤岸演决。
总河尚书舒应龙建议：修筑堤城坝，阻止汶水往南，开通马踏湖月河口，导引汶水往北流。
开启通济闸，开放月河土坝来减缓汹涌的水势。
依从他的奏谪。
数年之间，会通上下没有阻碍，而黄河、淮河之水一起上涨，高堰及高邮堤岸多次溃决危害漕河。
舒应龙终究遭罢免而离去。
建议的人纷纷而起，没有最后议定。
杨一魁代替舒应龙为总河尚书，竭力主张分流黄河导引淮河。
治理了一年多，工程将近竣工，又请求决开湖水来疏通漕渠，说：“高、宝各湖本是一片沃土，自从淮河、黄河逆流壅塞，于是变成低洼之地。
现在入江入海的水路已经疏通，应当开挖治理泾河、子婴沟、金湾河各河闸及瓜、仪二河闸，大量排放湖水，顺湖疏通渠道，与高、宝月河相互连接。
既避开运道风浪的危险，而湖水干涸变成良田，给予百姓耕种，慢慢地议定征收赋税，可以充作治河费用。”命令依照他的主张进行治理。
这时，下游已经疏通，淮水逐渐安定，然而，黄河在黄垌口决堤。
督漕都御史褚鈇担心排泄的湖水太多，造成徐、邳淤塞，竭力请求堵塞湖口。
杨一魁坚持不同意，疏通两河口到小浮桥故道来通行漕运。
然而，黄河总的趋势向南改道，二洪漕道多次干涸，又大量挖通黄蝈下游的李吉口，挽回黄河来补济它，不久就被淤塞。
杨一魁进京掌管工部事务。
二十六年，刘东星继承他的职位，严守杨一魁原来的主张，李吉口淤塞更高。
每年冬月，就在其地开挖一条小河，春夏引水流入徐州，像这样进行了三年，大都到秋天就淤塞。
于是又开通赵家圈来连接黄河，开通洳河来补济运河。
趟家圈不久又淤塞，洳河没有恢复，而刘柬星去世。
于是，凤阳巡抚都御史李三才建议从镇口闸到磨儿庄仿效闸河的形制，每三十里建立一处闸门，在河中一共建立六处闸门，控制和宣泄汶、济的河水，依赖它来通行漕运。
漕运船只到京城，再也不能够按期到达。
刘东星在任时，开通邵伯月河，长十八里，宽十八丈有余，用来避免湖水的危害。
又开通界首月河，长一千八百余丈。
各建金门石闸二处，漕运船只获得便利。
三十二年，总河侍郎李化龙开始大开洳河，从直河到李家港二百六十余里，完全避开了黄河的危睑。
李化龙因服丧而离去，总河侍郎曹时聘完成这项工程，上疏按功赏赐治理洳河的功劳，说：“舒应龙新开通韩家庄来排泄湖水，而水道开始畅通。
刘柬星大开良城、侯家庄来试着通行运输，而水道逐渐宽广。
李化龙上开李家港，凿开都水石，下开直河口，挖通田家庄，尽力治理，通行运输超过半数，而水道纔开通，所以臣能在他们之后宣告竣工。”于是备文上奏善后六件事，运道从此十分畅通。
这以后，每年三月打开洳河坝，从直河口进入，九月打开召公坝流入黄河，粮船及官船民船全都以此为准。
万历四十四年，巡漕御史朱阶请求修复泉湖，说：“宋礼在戴村筑坝，夺去二汶入海的水路，灌注而成河，又导引洙、泗、洸、沂各河水来辅助它。
汶水虽然汇合众水使出全部力量来供给漕河，然而经历水程速而水枯竭，最终难以维持。
到达南旺，又分流它的十分之四使往南迎接淮水，十分之六使往北到达卫水，力量分散更加单薄。
况且此水一到夏秋就上涨，一到冬春就干涸，没有雨水即使夏秋也会干涸。
宋礼料到它不能依赖，就在沿河昭阳、南旺、马踏、蜀山、安山各湖建立斗门，名叫水柜。
漕河水涨，就在湖中蓄积其流出的水，水退就打开闸门让水灌入漕河。
积蓄排泄有规定，非法打开有罪，所以依赖它旱滂可以不担忧。
等到时间久了禁令松弛，湖水变浅可以耕种，多数被有权势的人所霸占，昭阳一湖已经用作藩王的田地。
近来山东半年没有下雨，河水将要断流，按照线索去寻求水柜，就会茫然不知在什么地方。
请求诏令河臣清理核查，赶快修筑堤坝斗门来扩大积蓄水流。”皇帝依从他的奏请。
正在商议疏通泉湖，而黄河在徐州狼矢沟决堤，经由蛤鳗各湖流入洳河，到直口，运输船只面临急流艰险。
督漕侍郎陈荐开通武河等河口，排泄河水平缓水流。
后二年，决口增长淤积泥沙，黄河纔恢复故道。
总河侍郎王佐加筑月坝来保护它。
到泰昌元年冬，王佐说：”各湖水柜已经修复，安山湖又恢复五十五里，确实能够便利于漕逗。
请求把水柜的废弃与兴建作为考核政绩优劣的标准。”依从他的主张。
天启元年，淮河、黄河泛滥，里河王公祠决堤，淮安知府宋统殷、山阳知县练国事合力堵塞决口。
三年秋，外河又溃决数口，不久被堵塞。
这年冬，疏通永济新河。
自从凌云翼开通此河，不久就被壅塞。
总河都御史刘士忠曾经打开水坝来拯济运道，随后又被堵塞。
而淮安正河三十年没有疏浚。
所以主张先挖新河，通行返空的漕运船只，纔疏通正河，从许家闸到惠济祠长一千四百余丈，又建立通济月河小闸门，运输船只全都经由正河，新河又被壅塞。
这时王家集、磨儿庄湍急水流一天天汹涌，漕储参政朱国盛提出另外疏通一河作为漕运的打算，令同知宋士中从洳口往东到达宿迁陈沟口，又逆流而到骆马湖，上到马颊河，往返测量。
于是主张开通马家洲，并且疏通马颊河口的淤塞，上接洳口水流，下避刘口水险，又疏通三汊河淤沙十三里，开通滔庄河一百多丈，挖深小河二十里，开通王能庄二十里，以贯通骆马湖口，堵塞张家等水沟数十道，约束水流回到漕河。
总计河道五十七里，取名通济新河。
五年四月，工程竣工，运道经由新河，无刘口、尘儿庄各险阻的忧虑。
第二年，总河侍郎李从心开通陈沟土地十里，来完成前面的工程。
塞祯二年，淮安苏家嘴、新沟大坝一起溃决，淹没山、盐、高、泰百姓的土地。
五年，又在建义北坝溃决。
总河尚书朱光祚疏通骆马湖，避开河道险阻十三处，名为顺济河。
六年，良城到徐塘淤塞成为平地，漕运超过到达期限，免去朱光祚官职，刘荣嗣接任其职。
八年，骆马湖被淤塞，刘荣嗣在徐、宿开通河道，导引黄河水入注，遭到弹劾，受到严厉的惩罚。
侍郎周鼎继承他的职位，便专门用力于洳河，疏通麦河支河，修筑王母山前后堤坝和胜阳山东堤以及马蹄匡十字河拦水坝，挖通良城闸到徐塘口六千多丈。
九年复，洳河又畅通，经由宿迁陈沟口汇合于大河。
周鼎又修筑高家堰及新沟漾田营堤防，增筑天妃闸石闸工程，除去南旺湖彭口沙石，疏通刘吕庄到黄林庄一百六十里。
然而这时，黄河、淮河泛滥一天天加重，倒流危害漕河。
周鼎在职治河五年，最终因运道阻塞被削除官职。
继承他的是侍郎张国维，刚刚到达任所，就因漕河干涸遭到责罚。
崇祯十四年，张国维说：“济宁运道从枣林闸逆流于师家庄、仲家浅二河闸，每年都担心淤塞，每年都导引泗河经由鲁桥流入运河来补济它。
夏秋河水上涨，可以供给顺利渡河。
然而夹带泥沙注于河中，河水退后泥沙淤积，利与害各占一半。
旁边从白马河汇合邹县各泉水，与泗水合流而出于鲁桥，水力弱小不能抵挡泗水，河床半数淤塞，不能作为漕运之用。
然而，其上游较宽的地方正好与仲家浅闸相对，疏通让它从这里流入运河，比起鲁桥好坏的差别很大，并且改小水为大水，又减少泥沙渗入的害处，从而补救了仲家浅及师庄、枣林三闸，获得三个便利。”又说：“南旺水本来地势高，祇有凭借泰安、新泰、莱芜、宁阳、汶上、东平、平阴、肥城八州县的泉水，经由汶水流入运河，所以运河能够畅通。
现在东圣、壬阴、肥城泉水因淤沙而中断，请求赶快疏通它。”又上奏疏通运河的六个办法：一是恢复安山湖水柜来补济北闸，二是改挖沧浪河从万年仓出口以便利四闸，三是扩展疏通汶河、陶河上源来补济邳州支流，四是改道沂河出于徐塘口使一起便利于邳、宿二州，另外二个办法就是清除三州县淤沙以及改挖白马湖。
都命令斟酌施行。
张国维又疏通淮、扬漕河三百余里。
在这时，河臣竭力弥补，南河逐渐安宁，北河多处淤阻。
然而，河南守臣堵塞黄河用来淹没贼寇。
黄河大面积在开封决堤，下游一天天淤塞，治河的事宜更加败坏，不久明朝就灭亡了。